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mwbqGROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations) è un mwbgsoftware libero per la mwbwbioinformatica, specializzato nelle simulazioni dinamiche di proteine, lipidi e acidi nucleici. Sviluppato inizialmente dall'mwcaUniversità di Groninga, il progetto è supportato da altre università e anche dalla comunità europea attraverso il programma mwcqHorizon 2020.cite-ref-1[1]cite-ref-2[2]

• Storia

• Applicazioni

• Note

• Collegamenti esterni

Il progetto GROMACS è stato iniziato nel 1991 dal dipartimento di Chimica Biofisica dell'Università di Groninga con lo scopo di creare un software che funzionasse su sistemi paralleli dedicati, basati sull'mwfqarchitettura a bus. Il pacchetto fu derivato convertendo in linguaggio mwfgC++ un precedente pacchetto della stessa università (Gromos) scritto in linguaggio mwfwFortran: questo diede maggior elasticità nella programmazione e una maggior semplicità nelle release successive. Attualmente il pacchetto è considerato uno dei più performanti (se non il più performante) software per le simulazioni dinamiche attraverso mwgaequazioni newtoniane.

Dalla versione 4.5 GROMACS supporta l'accelerazione gpu attraverso il linguaggio mwggCuda, mentre dalla versione 5.1 sono supportati anche i linguaggi mwgwOpenCl e mwhaOpenMM, aprendo la strada anche all'accelerazione su piattaforme mwhqFPGA. Sempre dalla versione 5.1 è supportata anche la piattaforma mwhgARM. Tutte le versioni recenti, inoltre, supportano anche le estensioni mwhwAvx per l'accelerazione su cpu.

Attualmente il progetto è mantenuto dal Royal Institute of Technology di mwiqUppsala e viene rilasciato sotto licenza open mwigLGPL versione 2.1. Questa apertura del codice ha portato, nel tempo, al formarsi di una comunità di sviluppatori volontari che, coordinati dai ricercatori dell'Università, condividono idee e risoluzioni dei problemi per le release successive. A partire dal 2016 il codice è stato diviso in due: un ramo è quello di manutenzione/bugfix della vecchia versione e continua ad essere nominato come 5.x, l'altro (aggiornato periodicamente) introduce novità nel codice e viene nominato con l'anno e la release (es. 2018.1).

mwjaIl nome

Al Gennaio 2010, il codice sorgente del progetto contiene circa 400 diversi mwjgacronimi del nome stesso, dal momento che questo è diventato una specie di gioco tra i ricercatori e gli sviluppatori. Alcuni di questi sono "mwjwGROMACS Runs On Most of All Computer Systems" (GROMACS funziona su quasi tutti i sistemi)mwka, "GROMACS Runs One Microsecond At Cannonball Speeds" (GROMACS funziona in un microsecondo alla velocità di una cannonata)mwkq, "GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science" (Gruppi di molecole organiche in azione per la scienza)mwkg.

Sotto licenza non-LGPL, GROMACS viene ampiamente usato nel progetto di mwlqcalcolo distribuito mwlgFolding@Home, per la simulazione di ripiegamenti proteici.

GROMACS viene utilizzato anche dal progetto EvoGrids, che si occupa di simulare l'evoluzione di vita artificiale.

cite-note-11. ↑ mwng(mwnwmwoaEN) mwoqmwogAbout Gromacs, su mwowgromacs.org. mwpaURL consultato il 24 luglio 2017 mwpq(archiviato dall'mwpgurl originale il 27 novembre 2020).

cite-note-22. ↑ mwqgDavid Van Der Spoel, Erik Lindahl e Berk Hess, mwqwmwraGROMACS: fast, flexible, and free, in mwrqJournal of Computational Chemistry, vol.mwrg 26, n.mwrw 16, dicembre 2005, pp.mwsa 1701-1718, mwsqDOI:mwsg10.1002/jcc.20291. mwswURL consultato il 24 luglio 2017.

• (EN) Sito ufficiale, su gromacs.org.

• Gromacs, su packages.debian.org.

• Repository sorgenti di Gromacs, su gitlab.com.

• Sito di segnalazione bug, su gitlab.com.

• citereffree-software-directory(EN) Gromacs, su Free Software Directory.